34 đội bóng đăng ký tham dự vòng loại, chia thành 6 bảng:

• Bảng A: do Sở TDTT Nam Định làm bảng trưởng, gồm sáu đội: Đạm Phú Mỹ Nam Định, Hoà Phát Hà Nội, Than Quảng Ninh, Thể Công Viettel, Vạn Hoa Hải Phòng và Xi măng Vinakansai Ninh Bình.
• Bảng B: do Sở TDTT Nghệ An làm bảng trưởng, gồm sáu đội: TCDK Sông Lam Nghệ An, Halida Thanh Hoá, HN ACB, Quân khu 4, T&T Hà Nội và VST.
• Bảng C: do Sở TDTT Thừa Thiên Huế, làm bảng trưởng, gồm năm đội: Huda Huế, Đà Nẵng, Hoàng Anh Gia Lai, Quân khu 5 và Quảng Nam.
• Bảng D: do Sở TDTT Bình Định làm bảng trưởng, gồm sáu đội: Pisico Bình Định, Bình Thuận, Đắk Lắk, Lâm Đồng, Phú Yên, TMN Cảng Sài Gòn.
• Bảng E: do Sở TDTT Bình Dương làm bảng trưởng, gồm tám đội: Becamex Bình Dương, Đá Mỹ Nghệ Sài Gòn, Đại học Hồng Bàng, Đồng Tâm Long An, Quân khu 7, Tây Ninh, Thành Long, Trường Nghiệp vụ TPHCM.
• Bảng F: do Sở TDTT An Giang làm bảng trưởng, gồm tám đội: An Giang, Bến Tre, Cà Mau, Cần Thơ, Đồng Tháp, Kiên Giang, Trà Vinh và Vĩnh Long.

Tại vòng loại, các đội thi đấu tập trung vòng tròn một lượt tính điểm, xếp hạng ở mỗi bảng để chọn 6 đội xếp đầu tại mỗi bảng sẽ giành quyền vào vòng chung kết cùng 2 đội được vào thẳng là đương kim vô địch U-21 Tiền Giang và đội chủ nhà U-21 Khánh Hòa.

Kết thúc vòng loại đã xác định đủ 8 đội có mặt tại vòng chung kết là Đạm Phú Mỹ Nam Định, TCDK Sông Lam Nghệ An, Đà Nẵng, Bình Định, Đồng Tâm Long An, An Giang, chủ nhà Khánh Hòa và đương kim vô địch Tiền Giang.